Кафедра микробиологии Российской медицинской академии непрерывного профессионального образования.

Аудитория, на месте которой находилась лаборатория новых антибиотиков (сегодня это ректорат Российской медицинской академии последипломного образования).

Улица в её родном городе Фролово в Волгоградской области.

Улица в районе Щукино в Москве.

Во время Великой Отечественной войны имя Зинаиды Ермольевой носил самолёт- истребитель, построенный на деньги, перечисленные Зинаидой Виссарионовной после получения Сталинской премии 1 степени (вместе с Л. М. Якобсон) «За разработку нового метода быстрой диагностики и фагопрофилактики инфекционной болезни» в 1943 году.

Памятная медаль имени профессора Зинаиды Виссарионовны Ермольевой была учреждена Национальной академией микологии в 2017 году. Медалью награждаются члены Академии, российские и зарубежные ученые и специалисты за заслуги и достижения в области создания, разработки и внедрения отечественных лекарств, личный вклад в развитие микробиологии, эпидемиологии и охраны здоровья человека и его среды.